Est-il possible de r�cup�rer des sous-s�quences d'un alignement ?

Le module Bio::AlignIO permet de r�cup�rer et d'analyser les s�quences une � une en gardant les positions des gaps. On peut donc aussi r�cup�rer un bloc de sous-s�quences en gardant leur alignement, mais �galement obtenir la s�quence consensuelle de cet alignement.

file.fsa

>A1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>A2/1-57
..TACCAGCGGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B1/1-55
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG....ATAGATCTGACT.
.
>C1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>C2/1-60
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B2/1-61
GATACCAGCCGGATCATTATGCCACATTCTGATCGTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCT
T



R�sultat

sequence consensus � 50%
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT?

GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA
GGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCA
GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG..
GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA
GGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA
CGGATCATTATGCCACATTCTGATCGTGGACCTGCA