Perl et la bioinformatique

Voil� un bon d�but pour les bioinformaticiens qui s'essayent � Perl! En effet, les cours sont progressifs et bien �crits! Mais le mieux, ce sont les exemples! En effet, on y parle fichiers Genbank, format FASTA, r�sultats de Blast! Par ces exemples concrets, l'apprentissage deviendrait presque facile! Et les codes et proc�dures ainsi �crites trouveront leur application tr�s rapidement! Un bouquin explicite et concret pour les biologistes de formation, de bons exemples des probl�matiques de la biologie pour les informaticiens.

A recommander�!

Ce livre s'adresse aux personnes ne connaissant pas ou peu BLAST. Selon les auteurs, il convient �galement aux �tudiants et chercheurs ayant d�j� une exp�rience avec BLAST, mais souhaitant conna�tre des astuces suppl�mentaires.

Ainsi, il convient aux personnes venant d'autres domaines de la science (physiciens, matheux, informaticiens purs) qui s'int�ressent aux outils existant aujourd'hui pour l'analyse des donn�es biologiques, mais n'ont pas de connaissances en biologie.

La premi�re partie explique rapidement ce qu'est BLAST, en donnant des exemples via le web. La 2e partie est tr�s th�orique : on y parle autant des postulats biologiques de base qui font que BLAST fonctionne ainsi (similarit� des s�quences est le mot-cl�) que de l'algorithme qui en est � la base et on donne quelques explications de ce qu'est la programmation heuristique.

La 3e partie est de la pratique : quelle t�te � une sortie de BLAST ainsi que des conseils pour le choix de param�tres pour ce programme. Il y a pas mal d'astuces ici (il s'agit du chapitre 9).

Je pense que la lecture des parties 2 et 3 est un passage oblig� pour tout le monde au moins une fois, m�me si l'on consid�re bien conna�tre la b�te. BLAST ne constitue en aucun cas un outil d'analyse biologique, mais est l'outil qui la permet : en effet, il va toujours sortir un r�sultat, c'est � vous de dire s'il est biologiquement pertinent. D'o� l'importance de la connaissance des fondements th�oriques sous-jacents.

Ensuite, la partie 4 est consacr�e � l'installation et l'utilisation de BLAST en local... sur les syst�mes d'exploitation disponibles en 2003 . Le chapitre 11 est pour moi assez int�ressant : il d�crit les diff�rentes fa�ons de faire une base de donn�es indexable par BLAST (donc, parle de l'utilisation de l'utilitaire formatdb) et donne �galement un overview de certaines banques de donn�es biologiques. Cela dit, le tutorial sur le site du NCBI concernant formatdb est tr�s bien �galement; les connaissances des banques de donn�es biologiques dont il est question ont �galement pas mal �volu�. Donc, ce chapitre est � lire en tant qu'introduction, mais un replacement dans le contexte actuel est n�cessaire pour �viter les biais. Le chapitre 12 est �galement int�ressant : il donne quelques informations sur les vitesses d'ex�cution du programme ainsi que sur les diff�rentes optimisations de BLAST (le code source en C est disponible sur le site du NCBI, donc ce n'est pas �tonnant que ces versions aient pu �tre cr��es).

Ainsi, le passage � la partie 5 se fait tout naturellement : on donne des caract�ristiques assez d�taill�es des deux grands BLAST : celui du NCBI et celui de l'Universit� de Washington (le WU-BLAST), les deux �tant compar�s dans le Tableau 1 du chapitre 14.

Enfin, plusieurs petits scripts en Perl ponctuent tout le livre et sont �galement donn�s dans les Appendix. Il s'agit essentiellement de scripts astuces : si l'on ne sait pas utiliser Perl, ce n'est pas ici qu'on l'apprendra; ce n'est aucunement l'objectif du livre d'ailleurs. Il est tout de m�me dommage qu'il n'ait fait appel qu'� Perl : autres langages ont des ensembles de modules sp�cialis�s pour la biologie, tels Python avec Biopython, Java avec Biojava, Ruby avec Bioruby; il me semble aussi �tre tomb�e sur un d�but d'�quivalent en C++.

En conclusion, ce livre est un excellent d�but pour les d�butants complets et un peu initi�s, mais n'apportera que des astuces �pisodiques aux utilisateurs habitu�s.

Bonne lecture!